蛛网膜囊肿患者手术以后发生头疼的原因如下：

1、颅脑手术对患者产生创伤，需要明确颅内是否发生新的变化，是否出现颅内出血，及时复查CT排除出血；出血量少可能突破蛛网膜下腔产生刺激性头疼，量比较大会产生颅内血肿，压迫脑组织患者亦可出现头疼，甚至恶心、呕吐、意识障碍甚至昏迷，个别出血量大的患者可能还需要做血肿清除手术；

2、复发表现，蛛网膜囊肿手术初期排除了囊腔内脑脊液，颅内压增高情况得到缓解；后期由于分流术分流效果不好，或囊壁切除、造瘘手术瘘口粘连，蛛网膜囊肿再生长、再扩大，产生头疼，需要及时检查明确诊断。