病理科主要任务是在活检或者手术切除后，判断疾病的性质，即疾病为炎症还是肿瘤，或者为良性肿瘤还是恶性肿瘤。

如果是恶性肿瘤，还应判断为原发肿瘤还是转移肿瘤。另外，也应了解其恶性程度，即早期还是晚期。同时包括手术切缘有无癌残留，以及淋巴结是否转移等，上述均由病理科医生完成。

随医疗水平的发展进步，病理科医生的工作已经不仅为以上内容，除做疾病的性质诊断以外，还要采用免疫组化检测、原位杂交以及基因检测等手段评估疾病的预后，并且指导某些肿瘤在治疗上靶向药物的选择。