做无痛胃镜时，同时承担胃镜以及麻醉的风险，为二者风险的叠加，总体而言，无痛胃镜较为安全。做胃镜检查需要经过内镜医生的评估，确保病人没有胃镜检查的明确禁忌症。做无痛内镜也需要经过麻醉医生的评估，确保病人能够耐受麻醉，不至于引起太大的风险，风险太大时，则不建议做无痛胃镜。
做无痛胃镜时，不是一点风险都没有，相对而言，承担了麻醉加胃镜二者的风险，比如胃镜检查可出现咽喉部的擦伤，但单纯做胃镜检查，相对风险较低。胃镜检查下对病变的部位取活检，可引起出血，而做胃镜下治疗相对风险更高，比如出血、穿孔、感染等风险。做麻醉时的风险主要是引起麻醉相关的并发症，比如麻醉剂过敏，在麻醉的情况下，存在胃内潴留，比如液体或者食物潴留，增加反流误吸的风险。
