对于大多数的人来说，尖锐湿疣病毒不会终身携带。
HPV病毒感染分为低危型和高危型。低危型感染主要是游离状态，平均三个月到一年左右，体内的免疫系统，比如T细胞和NK细胞就可以把病毒清除，出现无病毒状态。对于高危型的感染，如果它没有整合到宿主细胞内，不会出现终身持续感染。
HPV感染，90%左右患者的病毒会在一年左右转阴，对10%的持续感染者的追踪研究显示，经过两年的随访，仍然有90%的患者的HPV病毒可以自动被体内的免疫系统清除。