如果川崎病没有全身多脏器或器官受累，可以完全治愈，不遗留后遗症。但是如果川崎病早期血管炎比较严重，合并冠状动脉受累，比如出现冠状动脉扩张，甚至严重冠状动脉瘤、冠状动脉血栓形成，可能合并严重冠状动脉后遗症，需于心血管内科进行定期随访和观察。
目前经过研究，冠状动脉即使回缩正常，但血管壁功能会有所下降，可能遗留相关心血管后遗症，不能剧烈活动，需定期进行随访。孩子长大之后，可能发生冠状动脉粥样硬化或高胆固醇血症、心肌缺血概率较高。早期建议家长进行定期随诊，观察心电图、冠状动脉超声有无远期心血管并发症。
