烟雾病手术后遗症一般是针对疾病本身导致，患者已经发生脑梗死、癫痫或脑出血而导致患者出现偏瘫、失语。许多患者手术之后，侧支循环没有建立，效果较差，可能出现新的脑卒中，继发再出血或再梗死，导致偏瘫、失语、偏身感觉障碍加重，甚至出血量大、昏迷等情况。

此外，血管走行区感染、头皮麻木，或瘢痕形成等后遗症也可出现。