高位复杂性肛瘘是肛瘘中非常复杂的问题，我国常用手术方法是祖国医学的切开挂线疗法，也就是对于周围组织中瘘道、脓腔进行彻底开放引流。对肛管内的内口和经过括约肌的部分瘘管实行挂线处理，通过肌肉瘘管进行挂线，可以通过线的紧缩和橡皮筋紧缩使肌肉逐步坏死，通过1-2周时间，挂线肌肉部分缓慢被切断。随着一部分肌肉粘连使肛门括约肌保持一定完整性，是保护肛门括约肌必要的措施，也是目前最好的办法。
高位复杂性肛瘘手术内口部分较一般肛瘘位置高，而且复杂，而且瘘道也在肛提肌以上，位置比较高、复杂、隐蔽，做手术时都要彻底开放，手术顺利完成，手术后最好了解术者怎么进行换药，因为高位复杂性肛瘘换药时间很长，一般都要30-40天。另外，随时可以发现隐蔽病灶，随时进行处理，只有这样才能把高位复杂性肛瘘顺利在最短时间内完全治疗好。
