并不是所有Barrett食管都会癌变，有研究显示80%的食管腺癌发生在Barrett食管基础上。Barrett食管癌变是一个逐渐的过程，所以多久癌变没有确切时间。它会从没有异型增生，然后到低级别上皮内瘤变，然后再到高级别上皮内瘤变，最后发展为食管腺癌，所以没有确切时间。

同时Barrett食管每个患者病变范围、病变长度、病理类型不同，癌变风险也不同。一般有以下几种情况，可能会增加癌变风险，反反复复有胃食管反流症状，或有以下危险因素中的三个，年龄＞50岁、白种人、男性、肥胖，这四个因素里面有三个以上，癌变风险会增加。如果有家族史，家里一级亲属中至少有一个以上患Barrett食管相关的食管腺癌，他的癌变风险也会高于一般人群。