血栓溶栓的治疗药物选择主要是根据血栓发生的部位来进行选择，具体如下：

1、脑动脉、肺栓塞或冠状动脉的堵塞：在临床上，主要是选择阿替普酶进行溶栓。对于脑动脉的溶栓，溶栓的时间窗要控制在4.5h以内，在这个时间窗内进行溶栓，溶栓效果好，开通几率大，并且脑出血的并发症也会相应的非常低。但如果超过这个时间窗，溶栓效果就很差，而且脑出血并发症的发生率大大增加。所以在脑动脉溶栓时，一定要严格的掌握时间窗；

2、外周的动脉或静脉：溶栓可以用尿激酶来溶栓。在使用尿激酶溶栓时，一般都是使用导管接触性溶栓的方法，就是将导管通过介入引导的方式直接插到血栓内，注入尿激酶，让尿激酶直接作用在血栓上，将血栓强溶解。这种溶栓方法的优点是使用的药物量较少，而且药物能够直接达到病灶，将血栓溶解，这样可以使药效非常好。而且因为药量用的少，还能够减少出血并发症的产生；

3、静脉血栓：在静脉血栓时，如果血栓量较少，可以使用部分抗凝药物，比如低分子肝素、华法林，或者新型的口服抗凝药，比如利伐沙班、达比加群等。因为人体自身有凝血和抗凝的动态平衡系统，在使用抗凝药时，血栓不再进行继续生成，就也会慢慢的溶解，也能够达到溶解血栓的结果。