肺真菌病治疗非常复杂，疗程比较长。不同肺真菌病治疗时间也不同。最容易治疗的念珠菌肺炎，治疗时间需要根据患者的临床症状以及肺部病灶吸收的时间来决定。

对于隐球菌性的肺炎，治疗时间至少需要半年以上。如果肺隐球菌同时合并隐球菌脑膜炎，则治疗时间需要延长到一年以上。对于曲霉菌感染的肺炎，治疗时间至少为16周；有些患者还需要通过手术治疗，手术以后还需口服14周的药物。

总之，肺真菌病的治疗复杂，时间久，建议患者前往专科医院得到正规的治疗。