肠镜检查诊断为直肠癌，而病理活检为良性，主要原因如下：

1、有些疾病确实不是结肠癌，只是在肠镜下的表现与结肠癌、直肠癌相似，有可能是炎症或者是特殊感染所致，相对较少见；

2、患者确实为癌症，但取活检所夹取的组织没有癌组织，有可能夹取到的是肿瘤组织表面的坏死组织，或者是周边的炎症组织、正常组织。由于肿瘤导致肠道形态变化，故夹取活检时位置和角度受限，此情况相对较多见，可能需要再次进行活检，或者采取其它办法取得病理学诊断。