巧克力囊肿的确诊需从症状、体征以及检查等方面考虑。具体确诊方法如下：

1、症状：巧克力囊肿患者最初可能没有症状，但是典型症状为腹痛、痛经、慢性盆腔痛以及性交痛等；

2、查体：对患者进行查体时，通常可以触及一侧或者双侧囊实性肿物，且活动较差；

3、检查：首选辅助检查巧克力囊肿的方法为B超检查，即通过阴道B超可以判断囊肿大小、内容物情况，以及囊肿周围情况。此外CT和磁共振检查，也是有价值的辅助检查办法。另外巧克力囊肿确诊的金标准，为腹腔镜检查。