儿童咽峡炎一般是病毒感染引起的，目前临床上还没有特异的抗病毒药物专门针对儿童咽峡炎。所以儿童咽峡炎的治疗，一般在临床上主要是通过对症治疗。
一般认为在儿童发现咽峡炎的24-48小时，给予干扰素进行雾化吸入，或者是口腔喷入干扰素，对于早期抗病毒有一定的良好抑制作用。除此以外，主要根据儿童的临床症状，首先要做好孩子口腔卫生，要让孩子勤喝水、多漱口，保持口腔清洁。
其次饮食方面要注意尽量清淡饮食，多吃流食。饮食当中要注意，由于咽峡炎疱疹很快会破溃，形成溃疡面，这种情况下，如果孩子进食含有盐分多的食物，会导致局部疼痛加重，所以在进食的时候，尽量不要吃含盐分多的食物。
除此以外，如果儿童伴有发热，这种情况下要勤测体温，如果体温不超过38.5℃，可以采用物理降温的办法，多喝水、贴退热贴、温水擦拭或者是洗温水浴。
如果体温超过38.5℃，可以给儿童口服布洛芬或者是对乙酰氨基酚类的退烧药，一般来说儿童咽峡炎都是自限性疾病，一般1周左右可以逐渐恢复正常。
