大部分急性肾盂肾炎患者通过正规抗感染治疗均可治愈，若患者出现肾乳头坏死、肾周囊肿、肾周脓肿等严重并发症，需进行其它手术干预治疗。

慢性肾盂肾炎患者一般存在反复急性肾盂肾炎发作的临床表现，常合并尿路梗阻，此时需进行抗炎、抗感染治疗和解除尿路梗阻。慢性肾盂肾炎患者在急性发作期需用抗生素进行感染治疗，在非急性发作期需用抗生素进行预防治疗。