间质瘤不用良性和恶性定义，用危险程度定义，间质瘤危险程度分为极低危、低危、中危和高危。可以将极低危理解为良性，将低危、中危和高危理解为恶性，危险程度越高，恶性程度越高。但是在临床和学术上，并非如此定义，间质瘤危险程度通过3+1指标定义。
间质瘤瘤体越大，危险程度越高，瘤体是2cm以内，还是2-5cm或5-10cm，还是更大。以及生长部位是胃，还是小肠或结肠，甚至于胃肠道之外，如腹腔内、肠系膜上等，生长部位不同，危险程度有所区别。
显微镜下观察病理核分裂象，核分裂象越多越高，危险程度越高。除这3个指标以外，还有肿瘤有无破裂，一旦破裂，均属于高危。若未破裂，可以排除在高危范围内，需要结合上述3个指标，若瘤体大且核分裂象高，均属于高危。
