纵隔肿瘤不完全是良性，也有恶性情况，甚至为交界性肿瘤，即恶性程度介于两者之间。胸腺瘤一般认为是良性，但部分胸腺瘤患者可以表现出交界性肿瘤性质，甚至可以演化成胸腺癌。

发现纵隔肿瘤后，如果患者能够行手术，一般首选手术治疗。手术后根据病理报告决定下一步治疗方案，良性情况一般不需要再做其它治疗；交界性肿瘤患者还要定期随访；恶性肿瘤患者往往需要进行放化疗。