脑炎的后遗症较多，应当根据不同类型的后遗症，选择不同的治疗方案：

1、癫痫：由于脑炎经常波及到边缘系统、额叶和颞叶，很容易诱发症状性的癫痫。脑炎后的癫痫治疗方案和其他类型的癫痫相似，以口服药物为主，可以选择的药物包括丙戊酸钠、丙戊酸镁、卡马西平、左乙拉西坦以及拉莫三嗪，都可以选择，要在神经科的医师指导下进行，同时也要定期的监测血药浓度，防止血药浓度超标，或者不达标的现象；

2、认知障碍：包括智力下降，认知障碍，由于脑炎可以破坏到认知中枢，尤其是海马结构，患者表现为记忆力下降、不认识家人、反应迟钝。治疗选择营养神经、改善认知的疗法，可以选择的药物包括多奈哌齐、美金刚以及吡拉西坦、奥拉西坦，根据情况酌情选用；

3、焦虑、抑郁症：由于脑炎破坏边缘系统，有些患者在脑炎痊愈之后，还会遗留失眠、心烦、情绪低落，这时可以考虑口服抗焦虑、抑郁的药物，包括帕罗西汀、氟哌噻吨美利曲辛片、文拉法辛等药物，也需要结合心理治疗；

4、肺部感染、压疮：脑炎后，有些患者卧床不起导致的并发症，比如肺部感染、压疮，这些需要抗感染治疗，以及康复护理，加强看护，定期到医院复查，是一种长期的治疗方案。