大部分情况下胃食管反流与胃窦没有直接关系，胃食管反流主要由于食管下段肌肉、穿行的膈肌，以及膈肌周围支持带、韧带薄弱所导致。上述组织组合称为抗反流屏障，抗反流屏障出现问题时，可导致食管反流发生。胃窦位于胃部下端，而食管下段位于胃部近端，即胃部上端，胃窦与食管下端相隔一段距离，所以严格意义上而言，两者没有直接关系。

但部分情况下食管下段可能与胃窦疾病有关，即胃窦出现梗阻或幽门梗阻，导致胃内压力急剧上升。此时食管反流屏障缺陷较轻，可能突然发生反流，便具有直接关系，其他情况下通常不存在直接关系。