颅底凹陷症的诊断目前临床上主要以X线为主。在放射科照X线的头正侧位、左侧位片，测量标志性结构即可诊断，如颅颈交界处的X线侧位片，测两个线，一个是麦氏线，还有一个是张伯伦线。

第二个一定要进行核磁检查。因核磁除能诊断颅底陷入外，还能看到合并的畸形，如小脑扁桃体下疝，或其它先天畸形，有无脊髓空洞均可发现。所以临床上进行X线照像、磁共振检查就能诊断颅底凹陷。