巧克力囊肿虽然可以被治愈，但是术后也存在复发的可能。巧克力囊肿的复发原因主要为手术时，通常仅剥除肉眼可见病灶，而肉眼不可见等潜在病灶无法去除。且巧克力囊肿发病原因不明，可能为干细胞生发而来，或者为在位内膜转移而来。因没有遏制住源头，故巧克力囊肿术后可能出现复发。

所以巧克力囊肿术后，要求积极的药物维持治疗，进行长期管理。通常可以帮助延缓或者推迟巧克力囊肿，减轻疼痛等症状。