做肠镜导致肠穿孔的可能性并不大，一般每年的发生几率在1%左右，全国的比例和全世界比例可能为1%-2%。同时也取决于肠道基础的情况，比如肠腔比较宽大，有便秘导致肠道蠕动异常；肠子比较长、弯比较多；做过一些腹部的手术，无论上腹部和下腹部，肠壁之间有粘连；既往有过不明原因的不全肠梗阻或者有过肠梗阻，是因为机械性的或者肠粘连导致，在做肠镜的时候，穿孔的机会就会明显增加。

如果是正常做肠镜，导致的肠穿孔的机会基本上在1%-2%，当然也取决于做肠镜大夫的熟练程度。做肠镜的大夫有一定的培养流程，以及独立操作前的入门操作例数要求，在入门前，可以独立操作之前，都有指导老师，在其监督下一起做肠镜。