肛周脓肿是否严重与病变位置有关，相对而言，低位肛周脓肿不严重，高位肛周脓肿严重，但均需要进行手术及药物治疗。
1、低位肛周脓肿：病情较轻，早期仅有肛周硬结，化脓后局部出现波动，需行脓肿切开引流手术，同时遵医嘱口服头孢克肟、甲硝唑等抗生素预防感染，局部可外涂红霉素软膏、莫匹罗星软膏等药物消炎止痛。
2、高位肛周脓肿：症状比较严重，由于脓肿位置深，可出现寒战、高热等全身症状。严重时会出现感染性休克，危及生命。诊断明确后，需进行退热治疗，同时行肛周脓肿负压引流术、切开缝合引流术等。术后还需遵医嘱用药进行抗感染治疗，常用药物有头孢拉定胶囊、环丙沙星胶囊、氧氟沙星胶囊等，避免炎症继续蔓延。
除积极治疗外，患者应做好肛周护理，必要时可行温水坐浴。术后24小时内卧床休息，减少活动。
