在临床上，奥美拉唑作为消化科的“万精油”，应用十分普遍。但是在使用的时候一定要注意它的配伍禁忌，在以下这些情况应用时一定要慎重。
　　1、与肝药酶代谢有关药物合同
　　奥美拉唑具有酶抑制作用，可延缓经肝脏细胞色素P450系统代谢的药物，比如：双香豆素、安定、苯妥英钠、华法林、硝苯定，在体内的代谢消除。当奥美拉唑与上述药物一起使用时，应酌情减轻后者的用量。研究表明，服用安定期间，口服奥美拉唑可导致患者出现步态紊乱，停用后即可恢复正常。服用奥美拉唑一周后，可使单剂量注射地西泮的清除率降低54%，血药浓度升高。
　　2、与氯吡格雷合用
　　2009年年初，美国食品与药物管理局（FDA）就氯吡格雷予奥美拉唑等药物相互作用发出药物安全性信息。根据数据显示，氯吡格雷予奥美拉唑存在药物相互作用，如果患者服用奥美拉唑联合氯吡格雷，奥美拉唑可使氯吡格雷的活性代谢产物及一直血小板聚集作用减少近一半。
　　3、与铁剂合用
　　铁剂主要是在十二指肠及空肠近端已亚铁离子的形式吸收。胃酸可增加铁剂的溶解度，促使不被吸收的三价铁转化为可被吸收的二价铁，从而有助于铁的吸收。
　　奥美拉唑属于抑酸剂，可减少胃酸分泌，提高胃内PH值。如果在服用铁剂的同时服用奥美拉唑，必然会影响铁剂的吸收，降低疗效。
　　4、与地高辛合用
　　奥美拉唑能够抑制胃酸分泌，从而降低胃液的酸度，可能减少地高辛水解，增加其吸收。奥美拉唑使胃液PH值升高可能提高地高辛的生物利用度。
　　5、与甲氨蝶呤合用
　　奥美拉唑通过抑制H+-K+-ATP酶的活性来发挥作用，而甲氨蝶呤的肾清楚示通过氢离子依赖性机制进行的。因此考虑甲氨蝶呤与奥美拉唑有相互作用。由于两药合用会导致严重后果，应考虑停止奥美拉唑治疗，密切监测血浆甲氨蝶呤浓度，并适当的采用亚叶酸解救，充分补液及碱化尿液。
　　6、与酮康唑合用
　　奥美拉唑是脂溶性弱碱性药物，可能降低酮康唑的生物利用度，减弱其抗真菌作用。
　　7、其他
　　复方氨基酸与奥美拉唑配伍后可出现白色絮状混浊物；维生素B6与奥美拉唑配伍后可变成黄色或茶色；奥硝唑与奥美拉唑配伍后可变成黄褐色；盐酸氨溴索与奥美拉唑配伍后可出现乳白色浑浊；氨甲环酸与奥美拉唑配伍后可出现白色絮状物。
　　另外，奥美拉唑化学性质非常不稳定，遇酸、热和光照，氧化剂均易变质降解，当PH低于8时，很容易发生变色形成沉淀物。