口腔内的正常菌群可以维持口腔微环境的动态平衡，如果没有引起任何症状，通常不需要治疗。

如果是致龋微生物，例如变形链球菌、乳杆菌属、放线菌属存在并且大量繁殖、代谢产酸时，容易导致龋齿。如果是牙龈卟啉单胞菌、中间普氏菌等细菌感染，则和牙周疾病相关。当有害细菌侵入口腔时，以对症治疗、去除致病因素为主，如乳磨牙和恒磨牙萌出以后及时进行窝沟封闭，可以有效避免细菌侵入；龋齿可以应用光固化树脂、玻璃离子等进行龋齿充填，消除食物嵌塞、调整咬合；牙周病患者进行龈上洁治术、龈下刮治术，必要时可进行牙周手术治疗；球菌性口炎以消炎、口腔清洁为主。可以在医生指导下使用抗生素，如复方氯己定含漱液、阿莫西林、奥硝唑等，但不是所有情况下都适合应用抗生素药物。

日常生活中要注意保持口腔卫生，餐后漱口、按时刷牙。饮食清淡，多吃一些新鲜的蔬菜和水果，少吃甜食，避免辛辣刺激性食物。漱口水不要经常使用，以免破坏口腔内正常菌群作用。多运动增强个人体质，不要熬夜，出现不适症状及时就医治疗。