慢性尿道炎大多数是由于急性尿道炎没有经过治疗或治疗不彻底导致。慢性尿道炎治疗比急性尿道炎困难，通常用药的疗程会成倍延长。由于慢性尿道炎一部分人是反复用药，因此存在着耐药菌感染的可能性。另外，一些外界因素如不洁性生活、不良生活习惯、炎症蔓延、尿道损伤、尿道内异物、尿道梗阻等，也会引起慢性尿道炎。
1、不洁性生活：如年轻女性存在频繁性生活、有多个性伴侣等也易引起尿道感染，增加患慢性尿道炎的几率；
2、不良生活习惯：如酒精刺激、辛辣饮食、饮水少、憋尿等也会引起慢性尿道炎；

3、炎症蔓延：如前列腺炎、阴道炎等炎症蔓延到尿道，会引起慢性尿道炎的发生；

4、尿道损伤：尿道检查、留置导尿、尿道支架等会破坏尿道黏膜防御功能，导致细菌感染，有引起慢性尿道炎的可能；
5、尿道内异物：经人为放置的尿道异物，或尿道内结石、赘生物等，如果不及时治疗，会导致慢性尿道炎；
6、尿道梗阻：如包皮口狭窄、尿道外口狭窄、尿道狭窄、尿道肿瘤、尿道口处女膜融合等，会导致排尿不畅，使尿液积存在尿道内继发尿道感染，引起慢性尿道炎。
此外，如果存在器官移植、免疫缺陷以及放疗、化疗损伤尿路上皮等情况，也可导致尿道炎不容易愈合而逐渐转变成慢性尿道炎。