三岁孩子牙齿有黑斑，需根据黑斑的形成原因进行治疗。常见的原因有色素沉着和龋齿。其中色素沉着导致的黑斑可通过日常刷牙、漱口、牙面抛光洁治去除，而龋齿导致的黑斑需通过充填治疗修复。

1、色素沉着：如果三岁孩子食用深色的食物，如巧克力、话梅，或者服用中药汤剂，并且没有充分清洁牙齿，色素容易附着于牙齿表面形成牙面色素沉积，出现牙齿有黑斑的表现。此时家长通过监督孩子在餐后刷牙、漱口，必要时口腔科进行牙面抛光洁治即可将黑斑去除；

2、龋齿：三岁孩子牙齿有黑斑也可能是龋齿导致，龋齿会破坏牙釉质，表现为牙齿表面的褐色或黑褐色斑点或斑块。涂氟能够一定程度预防龋坏继续加重，但不能去除牙齿表面的黑斑。如果想要在乳牙脱落前将黑斑去除，可以通过去除龋坏组织，使用充填材料进行修复，将牙齿恢复正常颜色。

在日常生活中，家长需注意让孩子养成良好的口腔习惯，掌握正确的刷牙方式。