甲状腺结节且伴有甲减，它的治疗一般不互相影响，因为甲状腺功能减退基本上很少和甲状腺结节有关。如果结节为恶性需要进行甲状腺切除，如果是良性的结节，而没有任何症状，也没有自主分泌功能，主要还是治疗甲减。
甲减大部分是由自身免疫造成的，也有些是甲状腺手术切除或者治疗甲亢所导致的，通常是以左甲腺素进行治疗来调控血清中促甲状腺激素、甲状腺素水平，让它维持在正常范围内。虽然需要终身服药，但是病情控制得好可以达到治疗目的，根据病情变化、年龄、体重、个体差异来随时调整用药，每4-6周测定激素指标，达到治疗目标后每6-12月复查。
