甲状腺手术后三个月胸闷、气短通常是因为心脑血管疾病、肺部疾病、心理疾病的原因导致，具体的原因需要到医院进行详细的检查，然后进行治疗。

1、心脑血管疾病：通常是因为遗传因素引起，也有可能是因为患者的身材过于肥胖导致，会出现呼吸困难、呼吸急促等症状，并且心脑血管疾病很有可能会导致胸部血管堵塞，从而引发胸闷、气短的情况，一般需要遵医嘱服用阿司匹林肠溶片、硫酸氢氯吡格雷片等药物缓解；

2、肺部疾病：比如慢性阻塞性肺病、间质性肺病等，通常是因为感染因素引起，也有可能是因为患者经常抽烟、喝酒引起，在炎症的刺激下会引起患者肺部缺血、缺氧，导致患者出现咳嗽、咳痰、咳血等症状，肺部疾病严重时还有可能会引发患者呼吸急促、胸闷，一般需根据具体的病情使用药物治疗，比如慢性阻塞性肺病患者可以遵医嘱使用硫酸沙丁胺醇片、盐酸左氧氟沙星片等，间质性肺病患者可以遵医嘱使用泼尼松片等药物治疗；

3、心理疾病：通常是因为长期受到他人刺激引起，也有可能是因为平时压力过大等因素导致，会导致患者交感神经兴奋，出现情绪减退、情绪低落等症状，并且也很有可能会导致患者出现胸部发闷、气促的情况，一般需要遵医嘱服用盐酸舍曲林片、草酸艾司西酞普兰片等药物进行治疗，同时也可以配合心理治疗。