偏头痛急性发作的时候，对于轻中度的头痛，可以首选非甾体类的消炎止痛药，常用的药物有阿司匹林、布洛芬、双氯芬酸钠等。阿片类制剂，比如说哌替啶，对偏头痛急性发作也有效，但是因其具有成瘾性，不推荐常规应用。
对于中重度的头痛，可以直接选用偏头痛特异性治疗的药物，包括有麦角类制剂和曲普坦类的制剂，麦角类制剂代表药物有麦角胺和双氢麦角胺；曲普坦类的药物代表药物有舒马曲普坦、利扎曲普坦。
这两类药物的不良反应，包括恶心、呕吐、心悸、烦躁、焦虑，周围血管收缩，大剂量长期应用可引起高血压和肢体缺血性的坏死，因此对于严重高血压、心脏病和孕妇是禁用的。这两类药物如果应用得过于频繁，还会引起药物过量使用性的头痛，建议每周用药不超过2-3天。对于频繁发作，尤其是每周发作一次以上，严重影响到日常生活和工作的患者，可以预防性地使用偏头痛的药物，常用的药物有β受体阻滞剂，如普萘洛尔或者是美托洛尔，钙离子拮抗剂，如氟桂利嗪胶囊等。
