肠功能紊乱，治疗以缓解症状、防止复发、改善生活质量为主。
肠道症状与精神状态密切相关，医务人员应以同情和负责的态度，向患者解释疾病的性质和注意事项，消除患者的疑虑和恐惧，增强战胜疾病的信心。
患者可以应用镇静、抗抑郁药物，常用的有3环类如盐酸阿米替林片，5-羟色胺再摄取抑制药如氟西汀，主要用于经治疗效果欠佳，且伴随精神症状明显者，但需主治医师评估后使用。
钙通道阻滞剂如匹维溴铵片、奥替溴铵片，可用于解除胃肠痉挛。纤维素制剂被广泛用于肠功能紊乱的辅助治疗，如果胶、车前草、燕麦麸等可溶性纤维素，能保持粪便中的水分。植物纤维素、木质素等不可溶性纤维素，可增加大便量。
便秘腹胀，出现紧急情况时可用生理盐水或肥皂水灌肠，但不宜长期使用。止泻药可用蒙脱石散等。
抗胆碱药用于餐后腹痛或兼腹泻者。促肠动力药，腹胀便秘性肠功能紊乱可用莫沙必利等。肠道菌群调节剂，可减少内脏高敏性和炎症反应。
