肛窦炎的治疗方法主要有药物治疗、手术治疗、中医治疗、其他治疗。

一、药物治疗

常见药物：甲硝唑、氟哌酸、庆大霉素、磺胺类、链霉素、洗必泰痔疮栓、消炎痛痔疮栓、九华膏

1、抗感染治疗：可使用药物进行全身抗感染治疗，如甲硝唑、氟哌酸、庆大霉素、磺胺类、链霉素等药物，适用于急性期肛窦炎，可采取口服、静脉滴注、肌肉注射等方式。

2、外用药物治疗：可外用药物进行治疗，如洗必泰痔疮栓、消炎痛痔疮栓、九华膏等。

二、手术治疗

1、肛窦切开术：适用于单纯性肛窦炎或肛窦已成脓或伴有隐性肛瘘的患者，操作方法是患者取侧卧位，肛门局部常规消毒，局部麻醉，在分叶肛门镜下显露出有病灶的肛窦，用肛窦钩或弯探针钩起肛窦，沿肛窦做纵形切口，切开肛窦使引流通畅，用刮匙搔刮病灶后压迫。术后每日坐浴，常规换药，保持大便通畅。

2、肛窦切除术：适应证同肛窦切开术或合并肛乳头肥大者，操作方法为侧卧位、肛周肛管及局部常规消毒，局部麻醉，在分叶肛门镜下显露病灶肛窦，将肛窦、肛瓣做纵形切口，长约1cm，深达切断部分内括约肌，清除感染的肛腺及其导管，结扎出血点，用夸血管钳夹住切口一侧的肛管及黏膜，连同增生的肛乳头一起结扎，术后每日坐浴，常规换药。

三、中医治疗

中医药对肛窦炎的主要治疗手段有中药内服、肛门纳药、中药灌肠、针灸疗法等，临床可根据病人具体情况选择合适的治疗方式，并配合饮食调节、心理疏导等方法综合调治。

四、其他治疗

微波疗法：中药熏洗后将微波探头涂上石蜡油，插入肛门后进行治疗。