小阴茎需要做的检查有体格检查、染色体和性分析、影像学检查等。
1、体格检查：一般认为阴茎解剖结构及外观形态正常，长度低于同年龄或同一青春发育期长度均值的2.5标准差为小阴茎。阴茎的正确测量方法是诊断小阴茎的基础，使阴茎处于疲软伸展状态，沿阴茎背侧，从耻骨联合阴茎根部到龟头顶端所测量的长度（不包括包皮的长度）。肥胖或隐匿性阴茎应尽量推开耻骨联合前脂肪垫。
2、染色体和性分析：应对所有怀疑小阴茎的患儿做染色体核型分析。
3、hCG激发试验及LHRH激发试验：可以提示功能性睾丸组织是否存在以及评价睾丸间质细胞分泌睾酮的功能状况。一般先行hCG激发试验，可了解睾丸功能是否正常，若正常再行LHRH激发试验确定垂体功能。怀疑肾上腺皮质功能不全及生长激素缺乏者需行ACTH激发及生长激素激发试验。
4、 影像学检查：怀疑下丘脑-垂体病变者需行头颅CT或MRI检查。
