甲肝疫苗自费和免费的都可以注射，没有特别的可比性，注射完甲肝的自费疫苗和免费疫苗后，都可产生甲肝保护性抗体，即甲肝抗体IgG。
注射完两种疫苗后，都可能会出现相应的不良反应，在计划免疫接种里，甲肝疫苗有免费接种可以使用，免费疫苗同样可以产生甲肝保护性抗体。
无论是自费甲肝疫苗，还是免费甲肝疫苗，注射完后都可能会有一般的不良反应，比如注射部位红肿、疼痛、硬结，还可能会出现发热，通常是低热，体温不超过38℃，以及乏力、倦怠、头疼等反应。
还有可能出现疫苗过敏，皮肤瘙痒、皮疹表现，不经过特别特殊处理，1-3天体温可恢复正常，红肿、硬结可以逐渐好转。观察过程中，一旦出现体温不降反而上升，出现恶心、厌食表现，要及时就医。
