引起小脚趾关节疼痛的原因比较多，每种疾病都有其自身的特点，需要根据相关检查进行判断。

1、小脚趾趾囊炎：多是由于穿鞋不当引起，如果经常穿前足较窄的鞋子，可导致小脚趾跖趾关节与鞋外侧面相互摩擦，从而会引起小脚趾关节的疼痛，局部可发生红肿。

2、小脚趾骨关节炎：由于年龄增高，关节软骨发生磨损退化，可导致小脚趾之间骨质增生，小脚趾活动时可出现骨与骨之间的摩擦，从而产生疼痛、僵硬感。

3、坐骨神经痛：常常是由于坐骨神经受到压迫导致，比如腰椎间盘突出时可压迫坐骨神经，引起下肢放射性疼痛，疼痛一直可放射到小脚趾处。

4、小脚趾神经瘤：是由于支配小脚趾的神经发生病变，局部形成肿瘤，可导致该神经支配的小脚趾皮肤发生感觉障碍和感觉异常，可表现为疼痛、麻木等不适。

5、痛风性关节炎：是由于体内尿酸水平过高，尿酸结晶积聚在小脚趾处，可引起小脚趾的红肿热痛。