北京大学第三医院眼科于1958 年由著名眼科专家、眼病理学家李凤鸣教授创立，在北医三院眼科基础之上，北京大学眼科中心于2001 年成立。眼科楼建筑面积10,000m²，集临床、教学和科研于一体，现为国家重点学科、北京市重点实验室、国家临床药理试验机构、北京市住院医师规范化培训基地、北京大学医学部专科医师规范化培训基地等。眼科中心由时任美国约翰霍普金斯大学医学院教授、国际知名的眼病理学家曹安民教授担任首届主任，他注重人才培养和梯队建设，按照国际眼科学惯例，相对应设立亚专科并从全国招聘一流眼科专家担任亚专科主任，在自主创新的平台上组成眼科中心飞速发展的骨干力量。
北医三院眼科在2022年发布的中国眼科专科声誉排行榜排名第十二位。现有床位41张，诊室39间，眼科手术室15 间。年门诊量逾35 万人次、日门诊量1500人次，年手术量3 万余例、出院病人数逾2万人次。 拥有专业医师82人，其中主任医师25人、副主任医师22人、主治医师18人。设立角膜及眼表疾病专科、眼底病专科、白内障专科、青光眼专科、眼视光与屈光手术专科、小儿眼亚专科、眼眶病与眼肿瘤专科、泪道整形亚专科，是国内综合医院中亚专科最齐全的眼科中心之一。对疑难性眼底病的外科治疗获业界认可，创新性开展针对外伤所致脉络膜撕脱的手术治疗。自主研发新型手术方法“自体Bruch膜带视网膜色素上皮（RPE）细胞移植”治疗老年黄斑变性（AMD），为国际首例，获得国际认可。角膜内皮移植手术技术及手术数量都位居国内首位，2022年于亚太地区首次开展“人工内皮移植术”治疗角膜内皮失代偿，有望成为患者供体匮乏的有效方法。2023年国内首次注射人角膜内皮细胞治疗大泡性角膜病变取得圆满成功。国内率先开展青光眼患者的视神经康复训练项目。眼眶病疑难重症诊治居国内领先地位。国内率先进行一日住院及日间手术模式探索，取得成功经验并推广。
北医三院眼科致力于打造特色医疗平台。 是北京市仅有的两家获批资质的眼库之一。特检平台、临检平台、病理平台、遗传诊治平台、患者资源中心等创新平台为眼科中心发展特色医疗、精准医疗保驾护航。
北医三院眼科现有博士生导师8人、硕士生导师16 人。自2001年至今培养博士后12 名、博士生、硕士生200 余名；培训进修医生300 余名。
北医三院眼科在2022年发布的中国眼科科技影响力排名第八。下属的研究所设有相当规模的实验室，包括分子遗传学、分子生物学实验室等，具备本专业研究所需的主要仪器设备和技术条件。近五年获国家级、省部级科研项目近30 项，总金额达1250 余万元；发表SCI论文近300篇，获授权的专利70项，其中成功转化7项。
北医三院眼科践行为民，防盲扶贫。五上健康快车，在广西、青海、甘肃、山西、四川、湖南、辽宁、湖南、新疆、云南、河南等省、自治区都留下了眼科医务人员的足迹，并在西藏以及陕西、山西、宁夏等老少边穷地区进行精准扶贫援助。 防盲治盲的脚步更远及亚洲、非洲等海外地区。
北医三院眼科锐意发展，老中青三代人携手共进，凝心聚力、跨步前行，不断追求卓越、为成为具有国际影响力的眼科中心而努力奋斗。
