腘窝囊肿是因为膝关节内压力增高，将关节内具有润滑作用的液体挤压、突出于膝关节滑囊的疾病，多数与膝关节的损伤有关，也会因为关节炎诱发，所以，腘窝囊肿主要应该治疗原发病。
如果是单纯的腘窝囊肿，囊肿范围不大，并且与膝关节腔内不连接，可以直接请医生用手法挤压破坏囊肿，使囊肿内液体流出，将囊液通过手法揉到其他软组织下，然后进行膝关节的加压包扎，一般都能使囊肿消失。
在包扎期间可以口服舒筋活血胶囊，减轻局部疼痛、肿痛的症状，外用正红花油、万花油、双柏膏、消瘀止痛膏当中的一种，基本可以使囊肿消失。
如果腘窝囊肿范围比较大，影响膝关节的功能，并且囊肿与膝关节内部相通，应该及早进行手术切除。