非结核的诊断，临床上可能有一定误诊的可能。因为目前肺结核的诊断主要是依据胸片、肺部CT、痰涂片的抗酸染色，以及痰结核菌的培养，少部分病人可以通过病理学来进行确诊，真正能够进行确诊的是痰结核菌的培养，以及病理学检测的确诊，部分病人可能没有的合格痰，只能通过影像学进行临床诊断，或者是疑似诊断。
还有部分人是通过痰涂片染色阳性来进行确诊，涂片阳性绝大多数的时候都是结核菌，但是仍然存在很少比例的人属于非结核分枝杆菌、奴卡菌、麻风分枝杆菌等其他不是结核抗酸杆菌的存在。因此，临床临床上结核的诊断，如果不是痰培养、病理学诊断，仍然存在一定误诊的可能性，需要结合治疗的反应以及继续的临床动态观察。