骨骼的疼痛与肌肉疼痛最明显的区别，就是如果病变位置在肌肉，按压局部的时候不需要太大的力度就能够引起疼痛，挤压或者将肌肉捏起也会出现疼痛症状。如果是骨骼病变引起的疼痛，可能需要稍微用力的按压局部，才能够引起局部疼痛的症状。
肌肉疼痛位置相对比较浅，而骨骼疼痛的位置会更深在，以下肢腿部为例，如果是腿部肌肉的疼痛，在平躺仰卧的时候，收缩腿部肌肉就会引起局部的疼痛症状。而骨骼病变出现的疼痛症状，就不会因为在平躺仰卧时的肌肉收缩动作所引发，一般都会在行走、跑跳的时候出现疼痛症状。
并且骨骼病变出现的疼痛相比肌肉病变出现的疼痛要更为剧烈，持续时间也会更长，痊愈速度也会更慢。