桥本甲状腺炎又叫慢性淋巴细胞性甲状腺炎，是由于遗传和环境因素共同作用而引起的器官特异性自身免疫性甲状腺疾病。具体发病机制目前尚未明了，认为属于多基因的遗传病，可能跟自身免疫是有关系的，因为许多桥本甲状腺炎患者，可以同时合并其他的身免疫性疾病，比如恶性贫血、狼疮、干燥综合征等等。
环境因素也可以促进发展，因为发现碘摄入量过高，也是桥本甲状腺炎发病的重要因素。碘如果摄入量过多，还可以使隐性桥本转化成显性桥本，还可以促进桥本甲减的发生。所以，碘使用的安全剂量范围，也是非常值得重视的问题。