儿童根尖脓肿通常无法自愈，因为小儿根尖脓肿多由牙髓龋损造成，如果不进行根管治疗将髓腔内炎症、细菌、毒素彻底清除和封闭根尖，炎症一般无法自愈，需经过正规根管治疗。乳牙根管治疗和恒牙不同，因为乳牙会替掉，根管充填材料不能用常规牙胶尖，需使用可吸收、生物相容性好、不影响恒牙替换的充填材料。

小儿根尖脓肿治疗原则为，若儿童无法配合治疗，仅通过口服消炎药无法治愈。通过根管治疗后，可辅助使用药物，如阿莫西林，之后再进行其他辅助治疗。