根尖瘘管需根据病因治疗，如果根尖瘘管多为牙源性，需做完善的根管治疗、冠部感染去除、根尖封闭。如果冠部已经做牙冠，或者纤维桩，无法从冠部打开，需从根尖搔刮。如果病变较大，单纯搔刮无法去除感染，需行根尖切除术，切开翻瓣进行彻底搔刮，再进行倒充填预备，根尖瘘管才能愈合。

根尖瘘管治疗为根管治疗，建议去除冠部，如果要是冠部无法去除，从根尖入路进行刮除、根尖切除或者根尖倒预备。根尖瘘管治疗均使用机械，所以口服消炎药仅为姑息治疗，无法完全去除病因，需到正规医院进行治疗。