严重的牙周炎除菌斑控制、洁治、刮治、根面平整外，在稳定期可进行上翻瓣手术和正畸。重度牙周炎晚期牙齿会松动、咬合无力、牙齿变位，可在炎症控制住稳定情况下做正畸治疗。若牙齿已经松动可拔除后，再进行修复治疗，即镶假牙。

重度牙周炎可以配合全身药物治疗，如果由牙齿未及时治疗形成重度牙周炎，需要做系统的牙周规范化洁治、刮治、根面平整、翻瓣手术、正畸等。如果存在全身疾病，如高血压、糖尿病、免疫系统的疾病时，需配合全身用药。