由于微创技术的进步，肾脏经皮肾镜手术一般较少进行，而且现在医院由于技术的进步，设备的改良，术后的风险，或并发症逐渐减少，但是主要存在以下几方面的并发症：

1、出血：经皮肾镜手术，需要在患者腰部打一个洞，直接进入肾脏内，相当于在肾脏打一个洞，做结石的手术。由于肾脏的血供比较丰富，因此部分患者会在术中，或术后出现出血，尤其部分患者，有时可能术中损伤比较大的血管，会出现类似于形成假性动脉瘤，或动静脉瘘，从而反复出现术后出血，或尿血的情况；

2、漏尿：经皮肾镜手术需要在肾脏处打一个洞，从而将结石取出，一般情况下，大部分患者在术后1-2周，肾脏伤口可自然愈合。部分患者由于愈合较慢，在术后短时间内，可能会出现腰部，也就是手术的漏口处，出现漏尿的情况；

3、结石残留：可能出现肾结石的复发，一般采取经皮肾镜取石的患者，通常结石数量较多，相对而言结石体积较大，在碎石的过程中，由于肾盏本身的结构，或穿刺肾盏解剖的特殊性，可能会存在结石，无法完全看清，因此术后可能存在残留结石。术后部分患者即便术中，结石取得比较干净，但术后可能也存在结石复发的情况。