牙周脓肿如果做彻底牙周治疗，一般能够消退。如果仍无法消退，需明确原因，可进行拔除。一直无法消除可能是机体抵抗力降低、全身疾病或自身免疫性疾病导致。一般情况下，牙周脓肿因为牙周有窄而深的袋形成，牙周脓肿除做基础治疗、全身用药外，牙周袋内可以放置缓释药。

口腔内的感染为厌氧菌感染，厌氧菌感染多使用甲硝唑、替硝唑类的抗感染。将甲硝唑做成长条状放在牙周袋内，可以较好的消除牙周袋内炎症。