目前没有依据可以证实，维生素B₂可以治疗溃疡性结肠炎。溃疡性结肠炎的患者，主要治疗是依靠美沙拉嗪，或美沙拉嗪的局部灌肠栓剂治疗。当溃疡性结肠炎较严重发作时，考虑的是糖皮质激素。再严重的情况，目前有较先进的生物制剂进行治疗。

由于溃疡性结肠炎是慢性的肠道炎症性疾病，常伴有维生素缺乏。较多患者在治疗过程中，自行限制饮食，故可有B族维生素缺乏的情况。部分患者在医生指导下，补充多种维生素，主要是治疗溃疡性结肠炎营养素缺乏问题。而单个维生素B₂的药物，没有依据可达到治疗溃疡性结肠炎的目的。此外溃疡性结肠炎的患者补充维生素D，近年认为对于维持缓解、减少复发溃疡性结肠炎具有意义。