艾灸关元穴最主要的作用是补，关元穴是补益的要穴，经常和气海、足三里穴搭配，起到补益作用。艾灸的作用是温中补虚、健脾和胃、温经散寒、活血通络。关元穴属于补穴，搭配艾灸可以起到1+1＞2的作用，可以更好的温补全身。

艾灸关元穴除可以温补外，还可以调经通络，女性患者的月经不调、痛经可以选取艾灸关元穴进行治疗。不孕不育以及男性阳痿、遗精等生殖系统疾患，同样可以选取关元穴进行治疗。关元穴还可以治疗泌尿系统疾患，艾灸关元穴可以补肾益精，如患者存在小便不利、尿频、尿急、夜尿多、前列腺增生等泌尿系统问题，同样可以选取艾灸关元穴进行治疗。