慢性胰腺炎主要需要与下列几种病变鉴别：
1、急性复发性胰腺炎：急性复发性胰腺炎在发作期，血淀粉酶显著增高，胰腺分泌功能试验多为正常。缓解期后，不遗留组织学或胰腺功能上的改变，预后良好。而慢性胰腺炎最终可发展为胰腺功能不全，预后较差；
2、壶腹部及其周围病变：慢性胰腺炎压迫胆总管出现梗阻性黄疸时，常与胰头癌、壶腹部肿瘤、胆总管结石等相混淆。逆行胰胆管造影、B超、CT等检查有助于鉴别，但有时需剖腹探查才能明确诊断；
3、消化性溃疡：慢性胰腺炎反复上腹痛，与消化病的鉴别有赖于病史、胃肠钡透及胃镜检查等。
此外，胰源性腹泻需和小肠性吸收不良综合征相鉴别。D-木糖试验慢性胰腺炎结果正常，小肠性吸收不良综合征则吸收障碍。胰外分泌功能试验也有助于鉴别。
