慢性胰腺炎病因复杂，涉及多种因素，其发病通常需急性胰腺炎前哨事件启动炎症过程。此后多种病因或危险因素维持炎症反应，导致进行性纤维化。某些遗传变异，自身免疫可不需要急性胰腺炎启动，促进特发性慢性胰腺炎隐匿起病。具体病因包括以下几种：

1、各种胆胰管疾病：感染、炎症、结石可引起胆总管下段或胰管与胆管交界处狭窄、梗阻，胰液流出不畅，引起急性复发性胰腺炎，在此基础上逐渐发展为慢性胰腺炎，是我国慢性胰腺炎常见病因之一；

2、酒精：长期饮酒是慢性胰腺炎主要病因；

3、B组柯萨奇病毒：此病毒可引起急性胰腺炎，且病毒滴度越高，引起急性胰腺炎可能性越大，若此时缺乏组织修复，可能发展为慢性胰腺炎。

其它病因还有特发性胰腺炎、遗传性胰腺炎、自身免疫性胰腺炎、高钙血症、营养因素等。