结肠炎患者需根据病因选择用药，若患者有脓血便，可能是患有溃疡性结肠炎、克罗恩病、肠结核，以及其他免疫异常导致的肠道疾病，不同疾病选择药物不同。溃疡性结肠炎患者常用的药物有美沙拉嗪、糖皮质激素、免疫抑制剂、生物制剂，肠结核病人需进行抗结核治疗。其他肠道的部分反应，如白塞病，需用免疫抑制剂进行治疗。细菌感染疾病，如沙门氏菌病，需应用抗菌素进行治疗。
大便异常不都是由结肠炎造成，大便次数多、不成形、有黏液，甚至黏液脓血便，可能是由不同疾病导致。功能性胃肠道病变，如肠易激综合征，容易出现腹泻，大便不成形、大便次数增加，排便前腹痛，排便后缓解的症状。此时做肠镜检查，黏膜完全正常，可能诊断为肠易激综合征。针对肠易激综合征，临床可能选择部分药物进行治疗，如调整肠道动力的药物和益生菌。根据病人的情况，还可选择调节神经功能的药物进行综合治疗。
