肠结核需正规抗结核治疗，完全愈合后一般不易复发，故其复发几率较小。且肠结核强调抗结核治疗，而抗结核治疗原则是早期、联合、适量、规律和全程，强调早期诊断、早期治疗。因为病变在早期渗出阶段时候，完全可以治愈。

除早期治疗外，一般需选择3-4种抗结核药联用，同时注意副作用。早期联合适量，每种药剂量需足够、规律，强调按天按顿、全疗程服药。如果未全疗程服药，症状改善立即停药，症状改善并不代表肠镜下结核已经完全愈合，如果过早停药，容易复发。